1、吴茱萸一般在种植的三年后可以进行收获。吴茱萸按其收获期，可分为“早子吴茱萸”和“晚子吴茱萸”两种。一般早子吴茱萸树为皮青绿色，皮孔较疏，叶和嫩枝稍带红棕色，果实红色，果粒小，结果多，产量高，并且在7月上旬收获。然而晚子吴茱萸树皮呈灰白色，皮孔稍密，叶和嫩枝青绿色，果粒大，结果少，果迟熟，产量较低，在八月上旬进行收获。
2、一般吴茱萸定植后2～3年就可开花结果，8～11月吴茱萸果实尚未开裂，当果实由绿色变为黄绿色或稍带紫色时，才可以收获。收获时一般选择晴天的早上有露水时进行采摘，以减少果实脱落。