1、一般保温杯的杯盖中会有一个塑料水瓶塞，主要是起到密封和保温的作用，清洗时候需要用冷水冲洗一下，能够清洗里面残留的灰尘。保温杯的其它地方先用清水清洗一遍，接着可以使用牙刷沾一些食盐并且用清水将保温杯都擦拭一遍。
2、柠檬水清洗。同时，也可以用柠檬汁和柠檬片清洗保温杯，准备一些柠檬汁和柠檬片放入儿童保温杯中，在杯中加入煮沸的热水，大约浸泡一小时后用海绵刷洗干净即可。保温杯的外面也是需要认真清洗的，不过不能使用比较硬的清洁用具，不然会造成保温杯表面的损坏。
3、高温消毒。保温杯消毒最为常见的方法是使用热水，将保温杯想用洗洁精清洗以后，加入高温消毒就可以使用了，也可以使用蒸汽消毒，蒸汽温度也是保温杯可以承受的范围。