1、含义不同。公费国家为优秀学生免去学费的一种奖励制度。自费指各大院校按统一招生规定录取并由本人缴纳培养费、学杂费。
2、学费出资方式不同。公费生学费由国家出资，公费是将因学生成责或品德优秀，国家为其免去高昂的学费力理医疗保险，并按月发放生活补助的一种奖励制度。自费生由自己承担学费，国家并没有相应的奖励制度。但是对于自费生来说，交学费有困难的可以申请贫困助学金。
3、培养方式不同。公费制度逐渐淡化，有被奖学金取代的趋势。自费由高等学校按照国家编制年度招生计划的要求单独编列。
4、专业不同。公费生的专业大多集中在公费师范生、公益医学生等专业层面，带有明显的公益和社会性质。自费生涵盖了大部分的专业，大多数的高校专业都是自费的。
5、毕业方向不同。公费生的毕业方向大多数都是“定向就业”，即毕业后在规定的省份、市份工作。自费生的毕业方向大多都是传统的考公、考研、参加秋招、春招等等。他的毕业方向是“非定向就业”。